Kurucusu Frank Biancheri tarafından 1985’te Paris’te düzenlenen ve Paris, Leiden, Londra, Madrid, Milano ve Münih’ten öğrencilerin katılım gösterdiği AEGEE etkinliğinde doğmuştur. 1987’de AEGEE-Europe, François Mitterrand’ı Avrupa Komisyon tarafından finanse edilen bir öğrenci değişim programı olan Socrates’in finansal olarak desteklenmesini sağlayarak büyük bir başarıya imza atmıştır. 1988’de, dernek EGEE olan ismini AEGEE olarak değiştirmiştir. Ulusal temelde değil, şehir bazında örgütlenen olan AEGEE, 1989’da Doğu Avrupa’daki Demir Perde’nin ilerisine açılabilen ilk Avrupa kurumlarından biri olmuştur. Dernek, 1992’de AEGEE – İstanbul’u, AEGEE ağına kabul etmiş ve böylelikle Türkiye’deki ilk lokal kurulmuştur. 1995’de merkez ofis Brüksel’e taşınmış, aynı yıl AEGEE-Ankara AEGEE ağına kabul edilerek, coğrafi Avrupa sınırları dışındaki ilk lokal olma özelliğini kazanmıştır ve ağ Türkiye’deki diğer şehirlerin katılımına açılmıştır. 1998 yılında ise AEGEE, Kıbrıs’a ilk gezisini düzenlemiştir; AEGEE-Magusa (Famagusta) 2001’de ağa katılmıştır. 2001 ve 2002 yıllarında AEGEE, Güney Doğu Avrupa ve Akdeniz bölgesinde, barış ve sürekliliğe odaklanan çeşitli büyük projeler düzenlemiştir. 2003, AEGEE’nin Kafkaslar’a düzenlediği ilk alan gezisini görmüştür. AEGEE-Avrupa, Kıbrıs’taki ara bölgede ilk uluslararası öğrenci konferansını düzenlemiştir.
Avrupa Birliği, Avrupa Güvenlik ve İşbirliği Teşkilatı, Avrupa Konseyi ve UNESCO ‘da temsil edilen en büyük öğrenci oluşumuolan AEGEE’nin hamileri arasında; eski Avrupa Birliği Komisyon Başkanı Jacques Santer, Avrupa Parlamentosu Başkanı Rita Süssmuth, Avrupa Parlamentosu eski başkanı Egon Klepsh, Avrupa Rektörleri Konferansı eski başkanı Joseph Bricall, SSCB Devlet Eski Başkanı Michael Gorbaçov, yer almaktadır.