AEGEE’ nin organizasyonunda ve yapısında ulusal düzey bulunmamakta, işleyişi, yalnızca yerel temsilcilikler ile Çalışma Grupları, Komisyonlar ve AEGEE-Europe Yürütme Kurulu’ndan oluşan Avrupa düzeyine dayanmaktadır.

Yürütme Kurulu (Comite Directeur): Kısaca CD olarak da bilinen AEGEE-Europe Yürütme Kurulu Brüksel'de bulunur ve çalışmalarını buradan sürdürür. Bahar AGORA’sında bir yıllık süreyle çalışmak üzere seçilen ve kendi içinde görev dağılımı yapan CD, 7 üyeden oluşur. Üyelerin en fazla üç tanesi aynı ülkeden olabilirken, CD'de en az dört milliyet olması gerekir. Böylece belli ülkelerin çoğunluğu engellenir. AEGEE-Europe, AEGEE’ nin AB Kurumları, Avrupa Konseyi, UNESCO gibi kuruluşlar ve diğer öğrenci organizasyonları ve STKlarla iletişim ve koordinasyonu yürütmekle sorumludur.  

Komisyonlar (Comissions): CD'nin destekleyici kadrosu olarak çalışan komisyonlar farklı çalışma alanlarında AEGEE' nin genel işleyişini denetlerler ve çalışmalara destek olurlar. Toplamda 4 tane olan bu komisyonlar: Mali Komisyon, Üyeler Komisyonu, Denetleme Komisyonu ve Ağ Komisyonu’dur.

Çalışma Grupları (Working Groups): Hem Avrupa çapında hem de Antenna bazında örgütlenebilen yapılardır. AEGEE'nin tematik altyapısını hazırlar, çeşitli konularda fikir yürütmek, tartışma açmak, araştırma yapmak amacıyla çalışırlar. Çalışma grupları AEGEE’nin önemli gördüğü farklı konularda bilgi kaynağı olma işlevi görürler. Çalışma Grupları Avrupa düzeyinde sözcüleri, antenna düzeyinde ise koordinatörleri tarafından temsil edilirler. AEGEE bünyesinde; Çevre, Eğitim, İnsan Hakları, Uluslararası Politika, Dans, Bilişim Teknolojileri, Kültür, Vize Özgürlüğü Savaşçıları ve Halkla İlişkiler Çalışma Grupları bulunmaktadır.

Avrupa Yürütme Kurulları Toplantısı (European Boards Meeting): Kısaca EBM adı verilen bu toplantılar, her yıl Bahar AGORA’ sına hazırlık olması amacıyla, Şubat ayında farklı bir AEGEE lokali tarafından düzenlenir. Öncelikli amacı antenna’ları Çalışma ve Proje Grupları’nın aktivitelerine dahil etmek olan EBM’ler, AEGEE yapıları arasında koordinasyon ve etkileşim ortamı sağlayan platformlardır.

Antenna (Antennae): Şehirsel bazında örgütlenen ve "antenna"adı verilen bu lokal gruplar AEGEE'nin temel yapısını oluşturur. Bu lokal gruplar, AEGEE’nin temel prensiplerine yönelik yerel ve uluslararası düzeyde çalışmalar yürütürler. Her antenna yerel etkinliklerin yanında her iki yılda en az bir tane uluslararası etkinlik düzenlemekle ve AGORA-EBM gibi tüzüksel toplantılara delege göndermekle yükümlüdürler. Şu anda AEGEE ağında Moskova'dan Ankara'ya, Roma'dan Valetta'ya kadar 232 antenna bulunmaktadır.

Agora: AEGEE'nin genel kurulu olan Agora yılda iki kez toplanır. Yaklaşık bin AEGEE üyesinin katıldığı Agoralarda AEGEE'nin geleceği tartışılır ve AEGEE'nin geleceğine dair kararlar alınır. Ayrıca AEGEE'nin amaçlarına yönelik yapılacaklar üzerine konuşulur ve yeni projelere karar verilir. Yaklaşık 1000 kişinin dört gün boyunca farklı bir AEGEE lokalinin ev sahipliğinde bir araya geldiği bu toplantılarda, gerek CD gerekse diğer AEGEE yapıları için yapılan seçimlerde delegeler lokalleri adına oy kullanırlar.

Proje Takımları (Project Teams): Uluslararası proje takımları, AEGEE’ nin Avrupa düzeyindeki projelerini yürütürler. Farklı lokallerden gönüllülerin katılımıyla oluşan bu gruplar, proje kapsamında düzenlenen konferans ve diğer etkinliklerin yürütülmesinden sorumludur.